1994 میں مسعود اظہر کو بھارتی فورسز نے مقبوضہ کشمیر سے گرفتار کر لیا لیکن دسمبر 1999 میں حرکت المجاہدین نے ایک بھارتی طیارہ اغوا کیا اور اسے قندھار لے گئے جہاں اس وقت طالبان کی حکومت تھی- اغواکاروں نے تین دہشتگردوں، بشمول مسعود اظہر، کی بریت کا مطالبہ کیا - جہاز میں پھنسے لوگوں کو بچانے کے لئے شدید پریشر کے باعث بھارت نے مسعود اظہر کو چھوڑ دیا- واپس آنے کے کچھ ہی عرصے بعد مسعود اظہر نے جیش محمد کی بنیاد رکھی کیونکہ حرکت المجاہدین پر امریکہ کی جانب سے پابندی عائد کر دی گئی تھی -
کہا جاتا ہے کہ جیش کو بنانے میں- اس وقت کے القاعدہ چیف اسامہ بن لادن اور طالبان نے کلیدی کردار ادا کیا- 2001 میں جیش پر الزام لگایا گیا کہ وہ نئی دہلی میں بھارتی پارلیمنٹ پر حملے میں ملوث تھی- اس حملے نے پاکستان اور بھارت کو جنگ کے دہانے پر لا کھڑا کیا- 2002 میں پاکستان نے جیش کو کالعدم اور دہشتگرد تنظیم قرار دے دیا- جیش نے 2003میں دو مرتبہ سابق صدر مشرف پر قاتلانہ حملے کیے-
2016 میں جیش پر پٹھان کوٹ میں واقع بھارتی ایئر بیس پر حملے میں ملوث ہونے کا الزام لگایا گیا- پاکستان نے مولانا مسعود اظہر کو گرفتار کر کے تفتیش شروع کر دی- اسی سال کچھ عرصے بعد اڑی میں بھارتی افواج پر حملے میں 19 افراد مارے گئے- ایک بار پھر الزام جیش پر لگایا گیا- 14 فروری 2019 کو ایک بار پھر اس پر الزام لگایا گیا کہ بھارتی کشمیر کے علاقے پلوامہ میں ہونے والے دھماکے جس کے نتیجے میں 40 افراد مارے گئے، جیش نے کروائے تھے-
پاکستان نے ایک بار پھر مولانا مسعود اظہر کو تفتیش کے لئے گرفتار کر لیا پلوامہ حملے کے بعد فرانس، برطانیہ اور امریکہ نے- مسعود اظہر پر پابندی لگانے کے لئے اقوام متحدہ کی سلامتی کونسل میں درخواست دائر کی لیکن 13 مارچ کو چین نے اس درخواست