مفتی محمد نعیم وفاق المدارس العربیہ کے رکن بھی تھے۔ یہ تنظیم پاکستان میں مدارس کی سب سے بڑی تنظیم ہے۔
مرحوم کے خاندان والوں کے مطابق ان کو گذشتہ کئی سالوں سے دل کا عارضہ لاحق تھ۔ مفتی نعیم نے پسماندگان میں بیگم کے علاوہ تین بیٹے اور دو بیٹیاں چھوڑی ہیں۔
وزیر اعلیٰ سندھ سید مراد علی شاہ نے مفتی نعیم کی وفات پر افسوس کا اظہار کرتے ہوئے کہا کہ مرحوم نے کئی مواقع پر حکومت کی مدد کی تھی۔
سابق وزیر اعلیٰ پنجاب شہباز شریف نے بھی مفتی نعیم کی وفات پر گہرے دکھ کا اظہار کرتے ہوئے کہا ہے کہ مذہبی عالم نے دینی تعلیم کو پھیلانے میں اپنا کردار ادا کیا اور ان کی خدمات کو تا دیر یاد رکھا جائے گا۔
مفتی نعیم 1955 میں پیدا ہوئے اور ان کا تعلق کراچی سے تھا جہاں وہ جامعہ بنوریہ انٹرنیشنل کے ساتھ گذشتہ کئی سالوں سے وابستہ تھے۔ ان کے فتووں کے باعث کئی مرتبہ یہ متنازع بھی ہوئے لیکن ان کی سیاسی اہمیت بھی تھی اور ہر دور میں سیاسی جماعتیں ان سے مدد کی متلاشی رہیں جو وہ گاہے گاہے فراہم بھی کرتے رہے۔