تحقیقاتی کمیشن کا سیکریٹری نیشنل کمیشن فار ہیومن رائٹس ہوگا جبکہ تحقیقات کے بعد کمیشن اپنی رپورٹ وفاقی کابینہ میں پیش کرے گا۔ کمیشن تحقیقات کے دوران تمام ثبوتوں کا جائزہ لے گا اور اسے ذمہ داران کا تعینات کرنے کا اختیار ہوگا۔
کمیشن انکوائری کے دوران معاملے میں ملوث کسی کو بھی بلا کر پوچھ گچھ کر سکے گا۔ کمیشن کسی سرکاری عہدیدار کی جانب سے ہراساں کرنے، توہین آمیز رویہ اختیار کرنے کی انکوائری کرے گا۔
نوٹیفکیشن میں تحقیقات کیلئے ٹی او آرز بھی طے کئے گئے ہیں، جس کے مطابق انکوائری کمیشن طیبہ گل کے الزامات کی فوری تحقیقات کرے گا۔
نوٹیفکیشن کے مطابق کمیشن کی سربراہ نیشنل کمیشن ہیومن رائٹس کی چیئرپرسن ربیعہ جویری آغا ہوں گی جبکہ دیگر دو ارکان میں سندھ سے انیس ہارون اور پنجاب سے ندیم اشرف شامل ہیں۔